Уважаемый(ая) she, большое спасибо за подмогу
Уже сутки собираюсь с мыслями, чтобы попробовать ответить на такие вопросы, и уложиться в какой-то разумный объем.
Эльдар, твой вопрос абсолютно правомерен, точно сформулирован, и, что называется, не в бровь, а в глаз. Ответ на него - хорошая вводная лекция о современной систематике, или об эволюционной биологии. Ocean 07, вопрос более узкий, но тоже "не на одно предложение".
Собственно, коллега she ответил(а) с макимально возможной точностью в условиях краткости. Я могу только перефразировать то же самое, - иногда одно и то же, сказанное по-разному, становится понятнее.
Эльдар, то, о чем ты говоришь, называется "создание филогенетической системы" - то есть системы, в которой систематические категории отражали бы эволюционное родство между видами. И действительно, это является одним из главных вопросов зоологии и ботаники (и всей биологии). Действительно, Линнеевская система животного мира придумана задолго до общего признания эволюционной концепции. Действительно, сначала она основывалась только на морфологии (да и сейчас в большинстве случаев у нас нет других данных, кроме морфологии). Но чем дальше развивается наука систематика, тем бОльшее количество признаков принимается во внимание.
Самый известный пример: по Линнею, порядки (отряды) растений определялись по количеству тычинок в цветке. Растения с одной тычинкой, с двумя, и так далее. Очень удобно для быстрого определения и классифицирования растения. Но в один порядок попадали, например, ряска и дуб, - не самые похожие виды. Поэтому потихоньку добавлялись новые признаки, система перестраивалась. С принятием эволюционной концепции анализ признаков получил определенный смысл: какие признаки отражают родство, какие - нет (т.е. вопрос о связи категорий "сходство" и "родство"). Если говорить о (некоторых) беспозвоночных животных, то в 20 веке стали использовать анатомию и микроанатомию, потом физиологические и биохимические признаки, потом и генетические. Но даже сейчас, когда можно довольно быстро посмотреть генетические признаки у интересующих форм - это не стало "панацеей" для установления "истинного" эволюционного родства. Всем бы хотелось, конечно, сказать: уфф, ну теперь-то мы можем прочитать гены и уж точно сказать, кто от кого и когда произошел. Так не получается
Генетические признаки, точно так же, как и другие, - не являются абсолютными и требуют вдумчивого анализа.
Поэтому на твой вопрос "как устанавливают эволюционное родство?" - ответ такой: "думают и анализируют". Результатом изучения определенной группы животных часто является перестроение системы.
С другой стороны, стремление создать систему, максимально приближенную к филогенетической, - приводит к нестабильности, и в некотором смысле, находится в противоречии с задачами классификации, - с возможностью быстро и четко определить место животного в системе живого мира. Если система будет постоянно перестраиваться, - путаница будет только увеличиваться; кроме того, выводы о родстве тех или иных форм все равно являются субъективными - это мнение отдельного ученого, которое не всегда разделяется коллегами.
Результат - некий естественный компромисс между какими-то совсем традиционными положениями, и новыми результатами. Несколько примеров:
в системе цветковых растений разделение на семейства является практически общепринятым, а вот как разные семейства группируются в порядки (отряды) - это отражение мнений разных ученых о родстве между семействами, и, соответственно, существуют несколько различных систем. Так и говорят: в системе, предложенной Тахтаджаном, ... и т.д.
Но это никого "не парит" - для задач классификации и практической ботаники все пользуются определением через семейства. Тем более что признаки семейств довольно четкие и понятные. А вот для задач установления естественной системы - привлекаются самые разные признаки, обсуждается, какой признак имеет большее значение, и т.п.
Все, продолжение потом, больше не могу. Может, перенести из технодайвинга?
Я уже не говорю об определении видов насекомых))) А подробнее, возможно, расскажет Дмитрий.. ну или любая книжка по современной эволюционной теории 
