Кхгм...
Все просто, как швабра (палубная).
Территория судна - это территория того государства, под флагом которого оно ходит.
Полноправным и ответственным представителем _всех_ государственных органов на этой территории является капитан.
Собственно, когда вы в Германии ступили на борт Кипрского судна вы пересекли границу Германия-Кипр (которой на суше не существует)...
Если во время пребывания на судне у вас истекла виза (Шенгенская), вы продолжаете находиться на территории государства Кипр, если у вас нет на то оснований (например, кипрской визы), то это обязанность капитана принять меры к вам. Если он их к вам не принял, а высадил в порту государства Кипр, то вас обнаружат при паспортном контроле, и дальше будут поступать стандартно как в случае просрочки визы. Скорее всего - вежливо, но настойчиво попросят проследовать в аэропорт и покинуть пределы страны (возможно, сделав отметку в единой базе данных, что вы нарушили визовые правила). И тут уже капитан будет ни при чем. То есть ему отдельно будут давать за это по балде, но помочь он вам никак не сможет.
Если вы попытаетесь высадиться в любом другом порту - то на стандартном контроле - возникнет вопрос о правомерности вашего пребывания в зоне (или пересечения границы). И решаться будет ровно стандартно - есть правомерность - нет вопросов, нет правомерности - нарушитель границы.